原因は不明ですが、CD-Rドライブの組み合わせによって起こるようです。 ライティングソフトを変えることなどで回避できるらしいので、試してみましょう。 SCSI関係も疑ってみるといいですね。
今のところ、下記のドライブで起こるという報告があります。
PLEXTOR PX-R412C（PLEXのドライブ全般で起こるらしいです）

Windowsの仕様です。PCエンジンのCD-ROMは、とっても特殊なフォーマットなので、どうしようもありません。 場合によっては、最終より前のトラックで止まってしまう場合もあります。 どうしても聞きたい場合は、普通のCDプレーヤーで聞きましょう。
また、この現象は、焼かなくても認識するPCエンジン用CD-ROMでも起こりますし、プレイには影響ありません。

原因不明です。ドライブやライティングソフトの環境によって出たり出なかったりします。 ライティングソフトを変えてみるなど、環境を変えることで回避できるらしいので、いろいろ試してみるしかありません。 3トラックのプリギャップを長くしてみるというのもいいかも（この場合はB'sのVer.2の焼き方では出来ませんが）。
今のところ、下記のドライブで載るという報告があります。
Panasonic CW-7502

普通のライティングソフトでCDのバックアップを行えばOKです。 ここのページに書いてある方法で焼いてもいいのですが、はっきりいって意味ないです。

原因は焼きミスではありません。焼きに成功していても、この現象は出ます。
PCエンジンには、画面の解像度を変えることのできるモードがあります。 Ys I・IIのオープニングは途中で解像度を変えるため、一瞬OS（WindowsのDOS）が解像度変更のためビジーになり、 CDの音が途切れるということになります。
これは、他の同様の解像度変更を行うソフトでも確認できます。

なりません。このページの方法は、「WindowsにCDを認識させる」ところまでですので、 プログラム上で起こる問題には全く対処できません。

PCエンジンのCD-ROMは、ミックスモードという方式のCD-ROMです。 ミックスモードCDというのは、1枚のCDの中に、音声トラックとデータトラックが混在するCDのことです。
普通のミックスモードCDは、1トラックにデータ、2トラック以降に音声トラックがあり、Windowsはこの方式なら問題なく認識できます。
これに対し、PCエンジンのCD-ROMは、1トラックに音声データ、2トラックにデータ、3トラック以降にまた音声データ （以降、ソフトによってはデータトラックを含むものもある）と並んでいます。
Windowsは、1トラックに音声トラックがあると、普通の音楽CDか、CDエクストラであると認識します。 CDエクストラとは、1セッション目に音声トラックを、2セッション目にデータを配置することによって、 コンピュータではデータを参照できるが、普通のCDプレーヤーで再生しても2セッション目のデータは再生されないので、 オーディオ機器を破損させたり、耳をいためることがないようにしたCDのことです。 つまり、CDの中で、音声の次にデータが来るような配置になっているということです。
このページに書いてある方法は、総じてデータトラックを最終トラックに付加すると言うものです。 最終トラックがデータトラックであると認識したWindowsは、そのCDは本来複雑な構造のミックスモードCDであるにもかかわらず、 CDエクストラとして扱ってしまいます。 これによって、最終トラック以前のトラックは全て音声トラックとして認識されるということになり、Windowsでの認識が完了します。 以上がこのページの方法で焼くことで、Windowsで認識する理由です。
『・・・はて、全トラックが音声トラックとして認識されるなら、本来のデータトラックである2トラックはどうなるのか？ エクスプローラーで確認しても、2トラックは音声データ扱いだし、大丈夫なの？』と思う方もいるでしょう。
確かにWindows上からは音声データのように見えますが、 実際にこのトラックをデータとして扱うソフトはWindowsではないということがわかれば、 この疑問もおのずと解けるというものでしょう。みなまでは言いませんが・・・

SCSIとドライブの相性問題のようです。
データトラックが次に来るような音声トラックを吸い出そうとすると、その境目で致命的SCSIエラーが起きる環境があるようです。 このような場合は、吸い出すドライブを変えてみたり、他のソフトを使ってみたり、SCSI環境を疑ってみたりするなど、 いろいろな方法を試すことが必要でしょう。
余談ですが、この現象が出る環境では、CDエクストラの最終トラックを吸い出そうとしても、同様の理由で同じ現象が出るようです。
上記のような現象が起きる場合、MSCDEXを使用して読み出してやることにより、回避できる場合が多いです。 わざわざCONFIG.SYSやAUTOEXEC.BATなどを書き換えなくても、CD2WAV32などでオプションとして使用できますので、 試してみてください。

CDの規格で、1秒＝75セクタになっています（1秒＝100セクタではありません）。
例として、3秒より1セクタ短いギャップを設定したいときは、2秒99セクタではなく、2秒74セクタにするというのが正解です。

私も確証があるわけではありませんが、以下に表にしておきますので、参考にしてみてください。

CDの種類	条件
元々認識するCD	・データトラックが2つあり、その2つが連続したトラックではなく、そのうち1つは最終トラックにある。
焼いて認識するCD	・データトラックが1つあり、その前後を音声トラックで挟まれているCD。 ・データトラックが1つあり、最終トラックにそのデータトラックがあるCD。 この場合、追加するデータトラックと元CDの最終トラックの間に、適当な音声トラックを挟み込む必要がある。
焼いても認識しないCD	・データトラックが2つ以上あり、そのうち2つが連続したトラックを形成しているCD。 ・データトラックが2つ以上あり、2つ目のデータトラックの後に何らかのトラックが続くCD。 ・データトラックが3つ以上あるCD。
ここに書いてあるものは、あくまで私が勝手に考えた法則です。 絶対にこれに当てはまるとは限りませんので、あしからず・・・。 実際、私はこれに当てはまらないCDを持っています。

容量オーバーについてなのですが、これはWAVEデータファイルとCDの生音のデータのフォーマットの違いから起こることなんです。

まず、CD-ROM（CD-R）ディスクの容量表示である「650MB」というものは、 データCDのフォーマットの規格であるISO MODE1を使ったときの容量だということを認識してください。
ISO MODE1では、CDの1セクタ（CDが管理できるデータの最小単位で、2352bytes）のなかに、 2048bytesのデータ領域と、それを管理する領域（304bytes）が存在します。 CD-ROMのデータは、このデータ領域に書きこまれ、管理領域には管理する情報しか入りません。 つまり、1セクタ中に入るデータの量は2048bytesしかなく、304bytesはユーザー自身が使うことは出来ないということになります。
仮に、あるCD-Rディスクが650MBの容量のものだとすると、 そのCD-Rには650MB÷2048bytes＝332800セクタの領域が存在するという計算になります。 （実際のディスクは物によってばらつきがありますが、だいたいこのくらいかと。）

さて、話はCDの音楽トラックへ変わります。
CDの音楽トラックは、いわゆる「垂れ流し方式」のデータ書きこみ形式です。 形式としては、レコードなどと同じで、音のデータのみがずらっとに羅列されている状態になっています。 このため、管理情報の領域はなく、音のデータが1セクタ内全域に渡ってびっしりと2352bytesつまっているのです。
これにより、上で書いた同じCD-Rディスクの場合、音楽トラックを焼こうとすると、 332800セクタ×2352bytes＝746MBの音楽データが入るというわけです。

このことから、もし音楽トラックの多いCDをファイルに吸い出した場合、650MBを超えたデータになる可能性もあるということです。 また、それをCDに焼く場合、音楽トラックは上記の理由で2352bytes／セクタで焼かれますので、 その分見かけの容量は小さくなって、650MBを超えるデータも650MBメディアに書きこめることになります。

つまり、CD-Rメディアに表示してある容量（MB表示のもの）は、音楽トラックの容量とはまったく違う容量だということなのです。 （音楽トラックの容量は、74分などと表示されています。） これによって、元CDから吸い出した音楽トラックを含むデータの容量が650MBという数値を超えていても、何の不思議もないのです。

焼きソフトには、これから焼くデータに必要なCD-Rメディアの容量を検査する機能があります。 このとき、焼きソフトはこのMODE1データと音楽トラックのフォーマットの違いを計算に入れて容量試算をするので、 実際に焼けるかどうかはファイルの容量ではなく、焼きソフトの情報を見たほうが正確かと思います。