En general, el aporte de nitrato derivado del agua de lluvia en condiciones naturales es inapreciable. Con frecuencia la contaminación por nitratos procede principalmente de fuentes no puntuales o difusas que se caracterizan por una gran cantidad de puntos de entrada de la contaminación en el terreno y por la dificultad que supone hacer una localización precisa de las zonas donde se produce la entrada de los contaminantes.

Las fuentes de contaminación por nitratos en suelos y aguas (superficiales y subterráneas), aunque pueden ser muy diversas, se asocian mayoritariamente a actividades agrícolas  y ganaderas, aunque en determinadas áreas, también pueden aparecer asociadas a ciertas actividades industriales, especialmente las relacionadas con el sector agrícola. No obstante, también existe una contaminación por nitratos de tipo puntual. En este caso la fuente de contaminación es más fácil de identificar ya que se suelen localizar en zonas de extensión restringida y frecuentemente se asocian con vertidos urbanos o industriales.

 * En general, el aporte de nitrato derivado del agua de lluvia en condiciones naturales frente a las demás fuentes de nitrato es inapreciable. 

** El uso indiscriminado de fertilizantes solubles vía fertirrigación durante varios años, tal y como suele tener lugar en las producciones intensivas, origina concentraciones muy altas de nitratos en el suelo, y consecuentemente, eleva de forma notable el riesgo de lixiviación de nitratos.

Son numerosos los diferentes compuestos de nitrógeno que se pueden formar en las distintas fases que componen el ciclo del nitrógeno. Como hemos visto, aunque algunos de ellos tienen una procedencia natural, la formación de muchos de estos compuestos se ve fuertemente incentivada de forma artificial, debido a la acción del hombre, constituyendo importantes fuentes de contaminación, tal es el caso de los nitratos.

De forma más detallada, los diferentes compuestos del nitrógeno puede proceder de la atmósfera, del suelo y de las aguas.

En la atmósfera

Suelo y aguas superficiales y subterráneas

Þ     Amonio (NH₄⁺): deposición del amonio presente en la lluvia y procedente de la quema de combustibles fósiles (automóviles e industria).

Þ     Amoniaco (NH₃⁺): deposición del amoniaco presente en la lluvia y procedente de actividades volcánicas y de la volatilización del NH₄⁺

Þ     Nitrito (NO₂^-): nitritos presentes en el suelo como resultado del proceso de nitrificación por el que el amonio se trasforma en nitrito y luego a nitrato.

Þ     Nitrato (NO₃^-): Su procedencia es diversa: contaminación atmosférica; fertilizantes nitrogenados (de origen natural y sintéticos); residuos orgánicos en concentraciones ganaderas estabuladas; lodos depuradoras; compost; vertidos de actividades industriales; vertederos no controlados.

En el suelo gracias a la acción bacteriana la materia orgánica se transforma, descompone o degrada hasta mineralizarse dando lugar a un conjunto de compuestos estables, amorfos y coloidales conocidos como humus. El humus está constituido por huminas (fracción insoluble), ácidos húmicos (material orgánico de color oscuro insoluble en ácidos) y ácidos fúlvicos (material sobrante en la solución una vez que se han extraído los ácidos húmicos por acidificación, soluble en álcalis y ácidos). El humus influye en la capacidad del suelo para retener y poner a disposición de la planta tanto aniones como cationes. Los ácidos fúlvicos y húmicos condicionan la capacidad de intercambio catiónico y por tanto marcan la disponibilidad de nitrógeno en forma amoniacal en el medio, mientras que las huminas condicionan la capacidad de intercambio aniónico y por tanto la disponibilidad de nitrógeno en su forma nítrica.