En las últimas décadas  las distintas actividades asociadas al sector agropecuario han sufrido una importante transformación, especialmente en los países más desarrollados. Se han intensificado las actividades agrícolas y se ha pasado de las típicas explotaciones ganaderas extensivas, ligadas al suelo, a las explotaciones ganaderas intensivas, sin suelo. Los cambios en los sistemas de producción agropecuaria han generado indudables logros socioeconómicos aunque como contrapartida han generado importantes problemas de carácter medioambiental. Una parte muy importante de estos problemas medioambientales derivan de la contaminación difusa que genera las actividades agrícolas, un tipo de contaminación muy compleja y muy difícil de acometer. Pero también una parte importante de esta contaminación procede de los residuos generados en las nuevas prácticas de ganadería extensiva. Agricultura y ganadería constituyen las principales fuentes de contaminación difusa de las aguas.

La contaminación de las aguas causada por la producción agrícola y ganadera intensiva (sedimentos, nutrientes, agentes patógenos, fertilizantes y plaguicidas) es un fenómeno cada vez más acusado que se manifiesta, especialmente en un aumento de la concentración de nitratos en las aguas superficiales y subterráneas con la consiguiente pérdida de la calidad de las mimas, llegando incluso a generar procesos de eutrofización en embalses, lagos, estuarios, etc. Es por ello que en el control de la contaminación por nitratos se hace necesario una modificación de todas las prácticas que generan este tipo de contaminación. Una aplicación adecuada de fertilizantes y plaguicidas proporcionará menor contaminación de las aguas superficiales y principalmente de las aguas subterráneas, donde el problema se agudiza por la mayor dificultad que entraña cualquier corrección.

Pero sin lugar a  dudas son las aguas subterráneas las que se ven más afectadas por este tipo de contaminación ya que a ellas se incorporan los nitratos por infiltración/lixiviación cuando no son absorbidos por el terreno. Los suelos y las aguas superficiales también se ven afectadas, aunque en menor medida. 

La contaminación difusa tiende a adquirir cada vez mayor protagonismo en la degradación de los recursos hídricos. Además, cuanto mayor es el grado de depuración y limitación de los vertidos puntuales, más destaca el efecto que este tipo de contaminación produce, sobre todo si se tiene en cuenta que en determinadas cuencas hidrográficas la aportación de nitrógeno de origen difuso representa más del 50% del N total de la cuenca. Es por ello, por lo que muchos países se han visto obligados a iniciar cambios en su ordenamiento legislativo, configurando normativas que regulen las explotaciones agrícolas y ganaderas, así como la eliminación de los residuos ganaderos. No obstante, existen importantes diferencias entre los países desarrollados y los no desarrollados. Por ejemplo, los primeros en la década 1990-2000 disminuyeron el consumo de fertilizantes a un ritmo medio del 2,3% anual, mientras que los segundos (los no desarrollados) incrementaron el consumo de los mismos una media de 4,5% al año. Un ejemplo alarmante lo constituye Argentina con un incremento del 27% anual (según la FAO). Sólo en algunos de los países más desarrollados se realiza una aplicación " sostenible" de los fertilizantes en las actividades agrícolas.

En el Mundo existe un importante problema de contaminación de suelos y aguas por nitratos relacionado con las prácticas agrícolas tradicionales (por ejemplo: Holanda, Francia, Alemania, etc.) en las que se aplican entre 2.000 y 2.500 kg/ha/año de fertilizantes y que se ha visto notablemente acentuado con la producción agrícola intensiva. Es por ello que el Consejo Internacional aprobó el 30 de junio de 1992 el Reglamento 2078/92 donde se establecen las normas sobre los métodos de producción agrícola compatibles con las exigencias de protección del medio ambiente y la conservación del espacio natural, traspuesto a la legislación Internacional mediante varios Decretos en los que se recoge la aplicación de las medidas contenidas en dicho Reglamento.

Además, con el fin de reducir el problema de la contaminación por nitratos y adoptar medidas preventivas que eviten futuras contaminaciones por este origen, el Consejo Internacional aprobó el 12 de diciembre de 1991, la Directiva 91/676/CEE, relativa a la protección de las aguas contra la contaminación producida por nitratos de origen agrícola y traspuesta a la legislación Internacional por el RD261/1996 de 16 de febrero. Dicha Directiva tiene por objeto proteger la calidad de las aguas frente a la contaminación difusa derivada del uso de los fertilizantes y el estiércol en las actividades agrícolas, tratando de

paliar este problema mediante la reducción de la contaminación causada o provocada por nitratos de origen agrario y mediante la actuación, de forma preventiva, contra nuevas fuentes de este tipo de contaminación. En este sentido, la Directiva 91/676/CEE obliga a cada uno de los estados miembros a:

	Identificar las aguas afectadas o que puedan verse afectadas por la contaminación de nitratos.
	Designar zonas vulnerables.
	Establecer programas de acción respecto a las zonas vulnerables designadas
	Elaborar códigos de buenas prácticas agrarias.
	Elaborar y ejecutar programas de control, para evaluar la eficacia de los programas de acción y designar, modificar o ampliar la lista de zonas vulnerables.
	Realizar revisiones periódicas, al menos cada cuatro años, de la designación de las zonas vulnerables y de los programas de acción.
	Elaborar y presentar a la Comisión de la Unión Internacional un informe de situación cada cuatro años.

En el Anexo I de la Directiva considera como aguas afectadas:

-          las aguas dulces superficiales, en particular las que se utilicen o vayan a utilizarse para la extracción de agua potable y

-          todas las aguas subterráneas que presenten o pueden llegar a presentar concentraciones de nitratos superiores a 50 mg/l.

Esta Directiva establece criterios para designar como zonas vulnerables aquellas superficies territoriales cuyo drenaje de lugar a la contaminación por nitratos. Una vez determinadas tales zonas deben realizarse y ponerse en funcionamiento programas de acción, coordinados con técnicas agrícolas, con la finalidad de eliminar, o al menos minimizar, los efectos de los nitratos sobre las aguas (redes de control de zonas vulnerables a la contaminación de nitratos). Asimismo, la Directiva establece normas sobre el control y vigilancia de la calidad de las aguas y la obligación de emitir periódicamente informes sobre la situación de este tipo de contaminación.

No obstante, en muchas zonas (o Estados miembros) de la Comunidad Internacional con demasiada frecuencia se incumple la legislación vigente relativa a nitratos de uso agrícola, especialmente en los países Sub-Desarrollados y Desarrollados (por ejemplo, América Central, América del Sur, El Caribe, Inglaterra o Portugal) así como también en los más orientales, donde con demasiada frecuencia se superan los niveles máximos fijados. En cambio, en los países nórdicos las concentraciones de nitratos son bajas. En cuanto a las medidas reparadoras, destacar por ejemplo Francia, que ha creado el denominado Comité de Asesoramiento para la Reducción de la Contaminación del Agua por Nitratos y Fosfatos de Origen Agrícola para intentar paliar la situación que tienen por la contaminación agrícola.