S.M.K Majakir mengamalkan sistem pentadbiran yang disarankan oleh kementerian pendidikan sejak awal penubuhan sekolah ini pada tahun 1962. Pentadbiran sekolah ini diketuai oleh seorang pengetua yang berkaliber dan bertanggungjawab mengurus pentadbiran yang dibantu oleh beberapa orang guru yang telah diberi kepercayaan iaitu Penolong Kanan Akademik yang bertanggungjawab dalam bidang akademik, Penolong Kanan HEM (Hal Ehwal Murid) yang bertanggung jawab menguruskan hal ehwal serta disiplin pelajar dan Penyelia Petang yang bertanggungjawab mentadbir dan mengawasi sesi pembelajaran dan pengajaran (P&P) bagi sesi petang. Akhir sekali sistem pentadbiran ini dibantu oleh ketua-ketua bidang iaitu Sains & Matematik, Sains Sosial, Bahasa dan Teknik & Vokasional.