ประพฤติวิปริตจากพระธรรมวินัย ก็ร้าย แต่ทำพระธรรมวินัยให้วิปริต ร้ายยิ่งกว่า ปัญหาเกี่ยวกับวัดพระธรรมกายที่กำลังได้รับการวิพากษ์วิจารณ์กันอยู่นี้มีหลายเรื่อง แยกได้หลายแง่ หลายประเด็น เช่นเรื่องความประพฤติส่วนตัวของพระ เรื่องการดำเนินงานขององค์กร คือวัดและมูลนิธิ เกี่ยวกับ การครอบครองกรรมสิทธิ์ในที่ดิน เป็นต้น ตลอดจนการดำเนินธุรกิจต่างๆ การแสวงหาเงินทอง โดยวิธีซึ่งเป็นที่ สงสัยว่าจะไม่ถูกต้อง ในแง่กฎหมายบ้าง ในแง่พระวินัยบ้าง โดยเฉพาะการยกอิทธิฤทธิ์ปาฏิหาริย์ขึ้นมาเผยแพร่ ในลักษณะที่เป็นการชักจูงให้คนบริจาคเงิน การใช้วิธีกึ่งเกณฑ์ให้เด็กนักเรียน นักศึกษา ตลอดจนข้าราชการ เป็นต้น จำนวนมากๆ มาร่วมกิจกรรม โดยมีเป้าหมายที่น่าสงสัยว่าจะมุ่งไปที่การให้บริจาคเงินหรือไม่ ตลอดจน ในที่สุดก็คือ ปัญหาที่เกี่ยวกับพระธรรมวินัยโดยตรง โดยเฉพาะการแสดงหลักการของพระพุทธศาสนาเรื่อง นิพพานเป็นอัตตา และเรื่องธรรมกาย ปัญหาทั้งหมดนั้น ล้วนมีความสำคัญ และจะต้องแก้ไขด้วยวิธีที่เหมาะสมให้ถูกต้องแต่ละอย่าง แต่เมื่อ พิจารณาในแง่ของการดำรงรักษาพระศาสนา ปัญหาที่สำคัญที่สุดก็คือ ปัญหาเกี่ยวกับพระธรรมวินัย ซึ่งกระทบ ถึงหลักการของพระพุทธศาสนา พูดให้เข้าใจง่ายว่า การทำพระธรรมวินัยให้วิปริต ซึ่งร้ายแรงยิ่งกว่าการประพฤติ วิปริตจากพระธรรมวินัย ยกตัวอย่างด้านพระวินัย ถ้าพระภิกษุประพฤติผิดพระวินัย ต้องอาบัติปาราชิก เรียกว่าประพฤติวิปริต จากพระธรรมวินัย ก็ต้องแก้ไขโดยดำเนินการลงโทษไปเป็นการส่วนเฉพาะบุคคล แต่ถ้ามีพระภิกษุยึดถือประกาศขึ้นมาหรือเผยแพร่ว่า การต้องอาบัติปาราชิกไม่ผิดพระวินัย ก็เป็น ปัญหาถึงขั้นทำพระธรรมวินัยให้วิปริต ซึ่งเป็นเรื่องใหญ่ถึงกับทำให้เกิดมีการสังคายนา ยกตัวอย่างด้านธรรม ถ้าพระภิกษุเห็นว่านิพพานเป็นอัตตา หรือไม่ยอมรับว่านิพพานเป็นอนัตตา เรียก ว่าเป็นการเห็นผิดจากพระธรรมวินัย ก็ต้องแก้ไขด้วยการให้ศึกษาหรือทำความเข้าใจกันให้ถูกต้องเป็นส่วน เฉพาะตัวของภิกษุนั้น แต่ถ้ามีพระภิกษุยึดถือประกาศขึ้นมาหรือเผยแพร่ว่า พระพุทธเจ้าสอน หรือพระไตรปิฎกแสดงหลักการ ว่านิพพานเป็นอัตตา หรือบอกว่าพระไตรปิฎกที่แสดงหลักการว่านิพพานเป็นอนัตตาเป็นหลักฐานที่เชื่อถือไม่ได้ ก็เป็นปัญหาถึงขั้นทำพระธรรมวินัยให้วิปริต ซึ่งเป็นเรื่องใหญ่ถึงกับทำให้ต้องมีการสังคายนา