Pertama adalah dasar pengertian dan patofisiologi gangguan yang dipengaruhi oleh kondisi stres. Karena setiap rangsangan termasuk perlakuan psikologik dalam terapi akan diteruskan ke pusat. Otak secara langsung menterjemahkan rangsangan tersebut dan memberi jawaban antisipasi untuk adaptasi hidup. Tergantung dengan kuantitas dan kualitas dari stresor, maka yang ringan akan menstimulasi saraf otonom khususnya neuropeptida katekolamin. Stres yang berlangsung lama akan mengaktifkan sistem interaksi banyak senyawa neuroendokrin yaitu aksis hipotalamus-hipofisis. Selanjutnya terjadi interaksi banyak senyawa neuroendokrin seperti CRH, ACTH, vasopresin, oksitosin dan kortisol yang juga berperan sebagai neurotransmiter terhadap multisistem organ lain. Konsekuensi dari stres akibat aktivitas kedua sistem tersebut menimbulkan gangguan yang merugikan tubuh sendiri. Untuk bidang psikiatri, pengetahuan ini dapat menjelaskan patofisiologi terjadinya depresi, anxietas dan gangguan ‘psikosomatik`.

Kedua, melalui ilmu PNIE dapat ditelusuri epigenesis beberapa gangguan jiwa antara lain skizofrenia, depresi berat dan gangguan sistem imunitas, serta mempelajari efek psikofarmaka.

Dengan demikian maka kajian ilmu PNIE memungkinkan lebih dikembangkannya psikiatri liaison dan penelitian psikiatri biologi di Indonesia.