『生物資訊交流園地』
BioInfoFab -- 陽明大學建立的生物資訊、生命科學新聞暨討論版 BioInfoFab, 網站概念應該是來自 LinuxFab 人客來坐唷 -- 在中研院服務的巫坤品博士在自己家裡架的生物資訊討論版 生物資訊學家族 -- 綠創科技執行長王家俊先生所建立的生物資訊討論家族 (目前已沒什麼活動) LION Yard 新聞台 -- 在德商 Lion Bioscience 英國分公司服務的 Mr. Chang 的個人網頁, 包含一些評論、生活雜文等 BioLearn@ntuBRC -- 台大資工建立的生物資訊演算法／群體學習網站 清大生物資訊討論版 -- 清大生科建立的生物資訊學討論版 Bioinformatics.org -- News & hosting bioinformatics projects Bioplanet -- A bioinformatics resource site, including chat, job, ...etc. Bio-IT World -- BIO IT technology trends & forecasts, technology selection, industry news & analysis, government polic National Bioinformatics Institute -- Bioinformatics resource 『台灣生物資訊學網站』
台灣生物資訊學會 -- 第一任理事長為台大資工系高成炎教授 陽明 POST -- 提供生物資訊相關名詞解釋 陽明生物資訊中心 生物資訊實驗室 -- 台大資工高成炎教授主持的實驗室 國家衛生研究院生物資訊 清大 Bioinformatics Center CRASA -- 中研院生醫所 Bioinformatics Research Center 發展的 Complexity Reduction Algorithm for Sequence Analysis 中研院結構生物組 成大生物資訊中心 中央大學計算生物與生物訊息實驗室 -- 中央大學物理系李弘謙教授的實驗室 交大清大生物資訊研究群 ByteGene.Org -- 東華大學生物技術研究所暨生命科學系建立的網站 Phylogenetic Analysis of Domains (PAD) -- 陽明大學楊永正教授和其博士班學生劉玉凡先生的研究成果 『大陸生物信息學網站』
北京大學 Centre of BioInformatics 哈爾濱醫科大學生物信息研究室 生物軟件網 -- 收集了許多 freeware 和 shareware 的軟體工具 Y F Leung's Functional Genomics -- 香港 Leung Yuk Fai 的個人網頁 『新加坡生物資訊學網站』
BIC at the National Univ. of Singapore KOOPrime -- 新加坡第一家生物資訊公司 『日本生物資訊學網站』
JSBi -- Japanese Society for Bioinformatics (日本 Bioinformatics 學會) 日本 Chem-Bio Informatics Society DDBJ -- DNA DataBank of Japan 『印度生物資訊學網站』
Bioinformatics in India eBioinfogen.com Bioinformatics Centre at Univ. of Pune Molecular Connections Private Limited -- 印度生物資訊公司, 位於 Bangalore BioInformatics Institute of India 『以色列生物資訊學網站』
WIS Bioinformatics & Biological Computing Compugen -- 以色列生物資訊公司 『英國生物資訊學網站』
Oxford University Bioinformatics Centre The Bioinformatics Resource WTCHG Bioinformatics Visualisation for Bioinformatics UMBER -- University of Manchester Bioinformatics Education and Research UCL Biochemistry Biocomputing Group -- A group studied protein function and structure at University College London 『德國生物資訊學網站』
bioinformatik.de TORVS Research Team -- Prof. Dr. Johann Gasteiger's team in Techniques for Organic Reactions, Visualization, and Spectroscopy Biomax Informatics AG -- 德國生物資訊公司 LION Bioscience -- 德國生物資訊公司, 有名的產品如 SRS Server 『歐洲生物資訊學網站』
European Bioinformatics Institute Bioinformatics Unit. CNIO -- Bioinformatics unit at Centro Nacional de Investigaciones Oncologicas BioI@Sista -- Katholieke Universiteit Leuven 電機工程學系的 bioinformatics group 『美國生物資訊學網站』
NCBI -- National Center for Biotechnology Information MIT Bioinformatics and MicrArraying Center UCSC Bioinformatics UCLA Bioinformatics SACS -- UCSF Sequence Analysis and Consulting Service Pande Group at Stanford University 『國際生物資訊學網站』
ISCB -- The International Society for Computational Biology The Open Bioinformatics Foundation Gene Ontology Consortium A Bibliography on Computational Gene Recognition Computational Chemistry List Genome Annotation Assessment Project Phylofoot.org -- Tools for phylogenetic footprinting purposes GEML -- Gene Expression Markup Language MGED -- Microarray Gene Expression Data Group Online XML Generator for MAML
『國外生物資訊課程』
A List of Bioinformatics Courses -- 在 North Shore LIJ Research Institute 服務的 Wentian Li 整理的連結 S-Star.org -- 美國, 澳洲, 南非, 瑞典, 及新加坡六所大學合作所提供的網際網路生物資訊錄影課程 Guide to Bioinformatics at Stanford University Representations and Algorithms for Computational Molecular Biology -- Stanford 大學 Russ Altman 副教授開的課 Computational Structural Biology -- Stanford 大學結構生物學課程 Molecular Bioinformatics 2001, Uppsala University Algorithms for Molecular Biology, Tel Aviv University -- 以色列臺拉維夫大學電腦科學系 Ron Shamir 教授開的課 Bioinformatics Courses and Seminar Series at MIT -- 麻省理工學院生物資訊相關課程的連結 ISCB Onlines Courses Bioinformatics Practical National Bioinformatics Institute Just Enough Molecular Biology for Computer Scientists -- 一些簡單的分子生物學內容
『國內生物資訊課程』
2001 生物資訊暑期研討會暨學分班 2002 生物資訊暑期研討會暨學分班 生物資訊 Bioinformatics Spring 2003 -- 台大數學所開設的課程 生物資訊 -- 清大生科所開設的生物資訊實習課程 Structural Bioinformatics 2000 -- 清大生科開的課程 台灣大學醫學院九十一學年度暑期醫藥基因生物技術研究班
『台灣生物資訊研究所』
陽明生物資訊學程 -- 陽明是台灣最早開辦生物資訊學程的大學 台大生物資訊學程 -- 台大自91學年度開始對校內開辦此學程 交大生物資訊所 -- 交大生物科技系的生物資訊所, 91學年度第一次對外招收碩士班
『生物資訊軟體』
Acedb GeneJock -- an Open Source DNA sequence editor project Linker -- A program to generate linker sequences for fusion proteins Cytometry Software Median Fluorescence Intensity -- Software for Analysis of Flow Cytofluorometry Data WPDB -- The Protein Data Bank Through Microsoft Windows PDBlib -- A C++ Macromolecular Class Library BTL -- The Bioinformatics Template Library, written in C++ SRS -- the most widely used biological database indexing and query system worldwide Stein Laboratory -- develops software for computational biology and genome bioinformatics G-language Genome Analysis Environment The FreeBSD Biology Ports Collection DeLano Scientific -- 提供 PyMOL, RigiMOL, & FreeMOL 軟體 XML for Molecular Biology BioEdit -- a biological sequence alignment editor written for Windows EMBOSS -- The European Molecular Biology Open Software Suite PySAT -- Python Seqeuence Analysis Tools
『生物資訊公司』
AnVil Informatics Biowire.com Celera Genomics -- 美商賽雷拉, 參與人類基因組解碼計劃(Human Genome Project)的主要民間公司 Cognia -- Developer and distributor of tools to mine and interpret proteomics data Dalke Scientific Digital Gene Technologies Gene Alliance GeneData Genomica Geospiza Incyte Genomics -- 美國著名的基因資料庫公司 Ingenuity Inpharmatica InforMax -- 著名的產品為 VectorNTI Suite Keryx Biopharmaceuticals Molecular Simulations MolecularWare NetGenics Net-ID Nexus Genomics Oxford Molecular Group Paracel SciTegic Silicon Genetics Structural Bioinformatics TimeLogic 美商應用生命系統 基因數碼 -- 台灣第一家標榜生物資訊的公司 長勝生物科技 -- 台灣另一家新成立的生物資訊公司
『生醫影像』
Scimagix -- 生醫影像軟體公司, 位於 San Francisco
『Microarray 影像擷取分析』
BioDiscovery -- A software company for microarray research and analysis Imaging Research Inc. Scanalytics
『Microarray 數據分析』
dChip -- DNA-Chip Analyzer J-Express MolMine -- MolMine 的產品為使用 Java 開發的 J-Express, 為一 Microarray cluster 分析軟體 Cleaver -- Classification of Expression Arrays XCluster Michael Eisen's lab Microarray Informatics 『Primer Design』
Primer3 -- MIT 開發的 primer 設計程式 CODEHOP PrimerDesign DEODAS -- DEgenerate Oligo Nucleotide Design & Analysis System PREMIER Biosoft -- 一家專門開發 primer 設計套裝軟體的公司 『資料庫』
The CEPH Genotype Database EMBL Ensembl ExPASy Molecular Biology Server GeneBank -- 隸屬於 NIH 下的 NCBI DNA sequence database GDB LiverESTDB NDB RSDB -- A database for repetitive elements in complete genomes by 中央資工 tGRAP Genome3D.org NEWT -- taxonomy database maintained by the Swiss-Prot group 『Pathways』
KEGG -- 日本 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes 『蛋白質資料庫』
PDB -- Protein Data Bank SWISS-PROT -- A protein sequence database FSSP -- Fold classification based on Structure-Structure alignment of Proteins SCOP -- Structural Classification of Proteins Prosite -- Database of protein families and domains Pfam -- Protein families database of alignments and HMMs 『蛋白質結構』
Combinatorial Extension Protein Structure Prediction Center -- CASP A Guide to Structure Prediction (could be outdated) GPCRDB -- Information system for G protein-coupled receptors 3D Protein Structure & Kinemage -- The Richardsons' 3D Protein Structure Laboratory and Kinemage Home Page PSIPRED -- Protein structure prediction server CIFters -- provide software tools for the newly created Crystallographic Inoformation File (CIF) Format Jnet -- A Neural Network Protein Secondary Structure Prediction Method Folderol -- a screensaver program which analyzes folding proteins 『Sequence Alignment』
FASTA BLAST FLAG ClustalW 『Computational Biology』
The Computational Biology Special Interest Group at Sun The IBM Computational Biology Center IBM Blue Gene Project 『生醫資訊』
Center for Biomedical Informatics at University of Pittsburgh 『Physiome』
The Physiome Project Physiome Sciences -- 一家 physiome 模擬軟體公司 『Computational Cell Biology』
MCell -- A General Monte Carlo Simulator of Cellular Microphysiology E-CELL Simulation Environment E-CELL Project Computational Cell Biology at University of Cambridge 『從事 Bioinformatics 研究的學者』
Michael S. Waterman Pavel A. Pevzner Michael Zuker Russ B. Altman Steven Salzberg Hui-Hsien Chou Ron Shamir Richard K. Belew 『生物資訊書籍』
Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis -- by David W. Mount Beginning Perl for Bioinformatics -- by James Tisdall 『生物資訊相關期刊』
Bioinformatics BMC Bioinformatics -- 所有論文皆可免費下載 Journal of Computational Biology The BioInformer -- 新聞季報 In Silico Biology Journal of Biomedical Informatics -- 生醫資訊方面的期刊 Protein Science -- 蛋白質科學的期刊 『研討會』
RECOMB 2002 PSB -- The Pacific Symposium on Biocomputing ISMB 2002 -- The 10th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology Computational Genomics 2001 O'Reilly Bioinformatics Technology Conference Conference links
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