Se desconoce la fecha y el año de nacimiento de Buxtehude con certeza, pero los biógrafos apuntan como probable que naciera en el año de 1637, en Bad Oldesloe (hoy Alemania), aunque aquí también existe alguna controversia pues algunas fuentes creen que la ciudad más probable Helsinborg en Suecia. Fuera como fuera, el compositor siempre se sintió danés.
Buxtehude era hijo del organista
Johannes Buxtehude (1602-74), el cual se convierte en su único profesor de música, preparándolo para que ya en 1657 se pueda hacer cargo como Organista de la Iglesia de Santa María en