Macross Plus inicia en el año 2040, en el planeta Eden, primer planeta colonizado por la U.N. Spacy. Aquí, en Eden, en el Centro de Práctica de Vuelo New Edwards, dos nuevos prototipos de luchadores, el YF-21 del General Galaxia, y el YF-19 de Industrias Shinsei, están siendo probados para ver cual reemplazará al viejo VF-11 Thunderbolt como el principal luchador de la U.N. Spacy.

    El piloto de la U.N. Spacy, Isamu Dyson, residente de Deep Space, es transferido al Centro de Práctica de Vuelo New Edwards en Eden, su planeta natal, su hogar, para probar el luchador YF-19, ya que otros pilotos habían estado teniendo problemas volándolo.

     Sharon Apple, la ahora famosa Cantante Virtual, tiene su primer concierto en Eden, junto con su productora, Myung Fan Lone. Cuando Isamu llega a Eden, él encuentra a su amigo/enemigo de la niñez, Guld Goa Bowman, que ahora es el piloto de prueba del YF-21, y de aquí nuevamente comienza una gran rivalidad entre los dos.

      Guld se entera de la llegada de Myung, la amiga de la niñez de él y de Isamu a Eden, y la confronta, de manera que los tres tienen una pequeña reunión que termina con el fin de Sharon Apple.

(Continúa, + detalles y fichas de los personajes, + dibujos).