Menurut sumber yang dipercayai operasi PERKIM akan ditutup. Ini berikutan masalah dalaman yang dialami oleh pertubuhan itu. Adalah dipercayai Perkim menghadapi masalah kewangan kerana pertubuhan itu tidak mendapat bantuan kewangan dari pihak Kerajaan.

Keujudan PERKIM, iaitu satu daripada organisasi (NGO) yang bertindak mentarbiah serta menjaga kepentingan saudara-saudara baru (muallaf). Sebelum ini Perkim beroperasi dan mendapat sumber kewangannya daripada sumbangan dan bantuan mereka yang prihatin.

PERKIM dikendalikan oleh beberapa orang AJK yang dikatakan menguasai dan sebagai pembuat sesuatu keputusan dan menerima elaun mesyuarat.

Sumber dalaman Perkim memberitahu bahawa salah satu cara untuk menjimatkan perbelanjaan, jawatan AJK tersebut perlu dimansuhkan kerana peranan mereka mereka tidak efektif.

Pentadbiran Perkim mempunyai kakitangan seperti Kerani, Pegawai Tadbir dan Pegawai Tarbiah untuk menjalankan urusan pentadbiran. Bagaimana pun untuk mengatasi masalah kewangan yang melanda Perkim perlu mengurangkan kakitangan yang lain, kecuali mengekalkan jawatan Pegawai Tadbir dan Pegawai Tarbiah.

Menurut sumber lagi Perkim juga mendapat sedikit peruntukan daripada Baitul Mal bagi tujuan operasinya, tetapi itu adalah tidak mencukupi.