Presiden BJ Habibie dijadualkan akan bertemu dengan PM Malaysia Mahathir Mohamad, pada 20 Mei 1999 di Batam.

Menurut Reuters, hubungan kedua negara sering jadi tegang karena pengadilan terhadap bekas TPM DS Anwar Ibrahim. Anwar 14 April lalu dihukum enam tahun penjara dengan tuduhan korupsi.

Hubungan Malaysia-Indonesia tegang tahun lalu ketika Habibie menyatakan prihatin dengan perlakuan pemerintah Malaysia terhadap Anwar.