Sekolah Menengah Naning telah dibina di atas tanah seluas 19.6 ekar. Kerajaan telah membelanjakan RM1,693,000 bagi mendirikan bangunan asalnya. Pada pada peringkat awal sekolah ini terdiri satu blok bangunan tiga tingkat satu blok Bengkel Seni Perusahaan dan satu blok kantin. Blok bangunan tiga tingkat itu menempatkan bilik-bilik darjah, bilik guru, makmal sains, bilik Sains Rumah Tangga, Perpustakaan, dewan dan tandas.

Sejarah awal sekolah ini bermula pada 30hb Januari 1983 dengan 10 orang guru dan 115 orang murid meliputi tiga tingkatan. Pada tahun 1985 murid-murid tadi menduduki peperiksaan Sijil Rendah Pelajaran buat kali pertamanya. Pada tahun ini juga sebuah koperasi telah ditubuhkan untuk menyediakan kemudahan dan alatan pembelajaran kepada pelajar-pelajar sekolah ini. Dengan penubuhan koperasi ini, secara tidak langsung para pelajar dapat diperkenalkan kepada asas perniagaan.

Pada tahun1991 sebuah blok bangunan tambahan telah siap dibina. Bangunan ini menempatkan bilik-bilik darjah, setor sukan dan bilik menyimpan buku-buku teks SPBT. Pada tahun yang sama juga sebuah surau telah siap dibina yang menelan belanja RM30,500. Surau ini adalah bagi kegunaan murid-murid, guru-guru dan kakitangan sekolah yang lain belajar dan menunaikan fardhu sembahyang.

Seterusnya, sekolah ini berkembang lagi dengan wujudnya dua kelas Tingkatan Empat Sastera pada sessi persekolahan 1992. Ini bermakna sekolah ini telah bertukar status menjadi sebuah Sekolah Menengah Atas. Pada yahun 1993 anak sulung keluaran Tingkatan Lima Sasteranya menduduki peperiksaan Sijil Pelajaran Malaysia (SPM) buat kali pertamanya.

Di samping itu, sekolah ini terus maju dengan tertubuhnya sebuah kelas iaitu Kelas Sains. Dengan ini status sekolah ini terus meningkat. Pada tahun 1996 pelajar-pelajar Kelas Sains tersebut telah menduduki peperiksaan SPM buat pertama kalinya. Untuk pengetahuan kita, kelas ini diduduki oleh pelajar tingkatan 4 dan 5. Bagi memudahkan pembelajaran ini, pihak kerajaan telah membina sebuah blok makmal khas dan dijangka siap pada tahun 1999. Prestasi sekolah ini dalam peperiksaan PMR dan SPM meningkat dengan cemerlang. Pencapaian terbaik ialah pada tahun 1997 iaitu keputusan PMR 1997 meningkat sebanyak 71.48 peratus di mana 3 orang pelajar telah memperolehi 7A dalam semua mata pelajaran.