Durante la Guerra del Pacífico integró la II División Naval. Se le comisionó como batería movil para proteger Arica de la escuadra chilena. Sus cañones Dahlgren, con proyectiles de 500 libras, probaron ser un arma mortal. El 27 de febrero de 1880 se enfrascó en combate contra el Huáscar y una de sus granadas causó una terrible explosión que mató a su comandante y varios tripulantes.
El 6 de junio de 1880 el Manco Capac respondió los fuegos de la escuadra chilena y otro de sus proyectiles impactó en el blindado Cochrane causandole severos daños y bajas. Otra granada del monitor dio en la goleta Covadonga, dañando su línea de flotación y forzándola a retirarse del combate. Luego del combate de infantería del 7 de junio su comandante Jose Sánchez Lagomarsino lo hundió para impedir su captura.
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