La batalla de Arica fue una de las más cruentas del siglo XIX. Pocos combates arrojaron tan alto número de bajas y el aniquilamiento casi total de batallones como fue el caso del Artesanos o el Granaderos de Tacna. En pocas batallas, incluidas las de la era napoleónica, perecieron casi todos los altos oficiales, como fue el caso de lo peruanos y en muy pocas el números de prisioneros fue tan reducido comparativamente a los muertos. Las dramáticas cifras no hacen sino demostrar que no se dio ni se pidió cuartel.
La mortandad de los peruanos fue terrible y registra una de las más altas en relación al número de combatientes, reflejo de la determinación con la que se defendió la posición. De los 1,650 hombres que tomaron parte activa en la batalla por el lado peruano, murieron más de 1,000 y alrededor de 200 quedaron heridos. La mayoría de los altos oficiales perecieron. De los diecinueve oficiales, comandante general, jefes de división, de batallón o batería, murieron 13. De los jefes de la Octava División solo sobrevivió el coronel Roque Sáenz Peña, herido; de la Séptima División únicamente lo hizo el coronel Várela, gravemente herido. Del Estado Mayor sólo salvó la vida su jefe, Manuel Carmen La Torre, a quién los chilenos confundieron con un hermano peruano del comandante de su escuadra. Por su parte los chilenos registraron 474 bajas.
Los prisioneros peruanos de tropa fueron confinados en el cuartel de la Recova y en el cuartel de Celadores en la calle de la Matríz, mientras que los oficiales de mas alto rango fueron detenidos en los recintos de la Aduana. Unos días después aquellos fueron trasladados al transporte Limarí que los conduciría cautivos a Valparaíso, para luego ser enviados a diversas ciudades del interior de Chile para cumplir prisión. Los heridos, tanto peruanos como chilenos, fueron trasladados al hospital San Juan de Dios y a las ambulancias que los peruanos habían organizado en carpas de campaña en los alrededores del nosocomio
Los combatientes de ambos bandos que perecieron en los fuertes Este y Ciudadela fueron sepultados en una fosa común cavada en la depresión conformada entre los cerros donde se habían ubicado ambos fuertes. Por su parte los caídos en los fuertes del norte fueron sepultados en el panteón. Aquellos muertos en la cumbre del morro fueron arrojados al mar. Los cadaveres, en número de 367, posteriormente fueron recuperados e incinerados.
Aproximadamente un mes después de la batalla, el vapor peruano Limeña arribó a Arica con la misión de recoger a los heridos peruanos de las batallas de Arica y de Tacna y trasladarlos a Lima. La nave también debía transportar al norte a familias ariqueñas y a religiosas de Tacna. Pero su misión más notoria fue la de trasladar los féretros que transportaban los cuerpos del coronel Bolognesi y del capitán Moore. Ambos héroes fueron exhumados de sus tumbas ubicadas en la iglesia de San Marcos y puestos en finos catafalcos de madera. Las autoridades chilenas dispusieron una ceremonia que incluyó una misa celebrada por el vicario de San Marcos y una formación de tropas chilenas con uniformes de parada. Posteriormente los féretros fueron llevados al muelle en hombros por una escolta de soldados chilenos y al compas de una banda de músicos que tocaban marchas funebres. Ahí fueron embarcados con honores, salvas de rigor y un toque de silencio, como muestra que los soldados chilenos reconocían en ambos jefes peruanos a los dignos combatientes que habían sucumbido con valentía y honor en la defensa de la patria.
La toma de Arica fue considerada y con razón una de las mayores hazañas de la Infantería chilena. El congreso de ese país ascendió a Manuel Baquedano a general de división. A corto plazo, Chile obtuvo el control de todo el sur del Perú, y, a mediano plazo, su estrategas pudieron concentrarse en atacar su capital, Lima, lo que en efecto ocurrió apenas seis meses después. La victoria permitió asimismo que Chile se anexase en el futuro esa rica provincia peruana.
Los hechos mencionados demuestran que Francisco Bolognesi y sus oficiales no estaban equivocados, ni mucho menos, al haber insistido en la dramática defensa de Arica. Sabían perfectamente que la caída de esa plaza artillada sería catastrófica -como lo fue- para la causa de su país. Por desgracia para los peruanos nadie quiso escuchar. La valiente guarnición, abandonada a su suerte, fue víctima de la improvisación y de los desaciertos en la conducción del conflicto -responsabilidad política del líder peruano Nicolás de Piérola-, de la incompetencia de oficiales novatos -como Segundo Leiva- y hasta del imperdonable silencio y la descoordinación de los altos mandos militares, incapaces de haber enviado al menos una orden al olvidado destacamento.
El mérito del episodio de Arica radica en que, dentro de tan caótica situación, sus oficiales, aún conscientes que el sacrificio podía ser estéril frente a la superioridad material y estratégica del adversario, persistieron tercamente en realizar un esfuerzo mas allá del deber, con la determinación de mantener esa importante posición para su país aún a costa del sacrificio de sus propias vidas.
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