Durante la Guerra del Pacífico intentó dar caza y destruir a la goleta Covadonga, pero accidentalmente encalló su nave en una roca submarina al intentar espolonearla por tercera vez frente a Punta Gruesa, el 21 de mayo de 1879. Fue sometido a corte marcial y perdió su puesto de comando en la marina.

Moore buscó expiar su error con la muerte y a su solicitud se le destacó a Arica, donde se le confirió el mando de las baterías altas del puerto. Pereció luchando valientemente en la defensa de esa posición el 7 de junio de 1880. Tenía 44 años de edad de edad.