Le riprese de La Mummia sono iniziate a Marrakesh, in Marocco, lunedì 4 maggio 1998 nel set della Prigione di Il Cairo e sono continuate per 17 settimane, per poi essere concluse nel Regno Unito sabato 29 agosto.
Nonostante La Mummia sia una storia egiziana, il clima politico in Egitto durante il periodo di pre-produzione era tale da rendere impossibile lavorare ad un film del genere con tutti i problemi logistici che ci sarebbero stati.
A Marrakesh vennero riprese tutte le scene relative alle casbe e ai bazar di Il Cairo del 1925. Le rovine della città perduta di Hamunaptra, la leggendaria Città dei Morti, vennero costruite fuori dalla piccola città di Erfoud.

Ne La Mummia Hamunaptra è la città nascosta nel deserto che compare dalla terra quando i personaggi si avvicinano ad essa. Come set è stato usato un vulcano spento vicino a Erfour.
Per creare i passaggi sotterranei della Città dei Morti vennero costruiti dei set agli Shepperton Studios di Londra.
Sempre nel Regno Unito a Chatham venne ricostruito il Porto di Giza sul fiume Nilo.