A pesar de lo que algunos hayan afirmado, estas dos doctrinas no sólo no se contradicen, sino que se corroboran mutuamente.
Todos nuestros textos prueban una perfecta ortodoxia que, a la vista del conjunto de las distintas confesiones cristianas existentes (católica, ortodoxa, protestante, etcétera), demuestra que el Régimen Rectificado, lejos de dividir a los cristianos, los reúne.
Partiendo de ahí, Willermoz ha dado a su Sistema o Régimen una arquitectura concéntrica, organizándolo en tres "clases" sucesivas cada vez más interiores, al igual que más secretas, siendo desconocida cada clase interior por la que le era exterior.
Por otra parte, ha dotado el recorrido iniciático desarrollado de grado en grado, de una enseñanza doctrinal progresivamente más precisa y explícita, gracias a las "instrucciones" que forman parte integrante del ritual de cada grado.