1. Pada T.M. 1889, satu cadangan mendirikan sebuah sekolah telah diutarakan oleh seorang pedagang dari Sumatera bernama Hj. Abdul Samad dengan diberi nama Sekolah Melayu pernu. Beliau telah berkahwin di Pernu dan tinggal di sini hingga akhir hayatnya.

2. Sekolah Melayu Pernu akhirnya telah siap dibina pada T.M. 1890 di atas tapak yang diwakafkan oleh Hj. Abdul Samad. Datuk Penghulu / Demang Be atau nama sebenarnya Abdullah bin Abdul Rahman telah banyak membantunya.

3. Bangunan sekolah ini dibina secara bergotong royong dan diawasi oleh pemerintah British.

4. Akhirnya pada T.M1. 1909, barulah Sekolah Melayu Pernu dapat dibina dengan sepenuhnya. Walaubagaimanapun, beberapa kemudahan seperti air dan tandas tiada.

5. Ketua guru ketika itu ialah Encik Ahmad bin Md. Yunos. Beliau dibantu oleh En. Abdul Wahab bin Abdul Hamid, seorang guru dari Kampung Alai, Melaka. Jumlah muridnya seramai 50 hingga 60 orang dan semuanya terdiri daripada murid lelaki. Pakaian sekolah mereka ialah baju "teluk belanga". Berkain dan berterompah.

6. Dekad-dekad seterusnya menampakkan kemajuan pendidikan di pernu begitu meningkat sekali. Satu peristiwa berlaku pada T.M. 1943 iaitu sewaktu pendudukan kerajaan Jepun di Tanah Melayu di mana bangunan Sekolah Melayu Pernu dimusnahkan oleh ribut. Walaubagaimanapun, murid-muridnya masih meneruskan pelajaran masing-masing dalam Bahasa Jepun.

7. Pada T.M. 1946 hingga 1950, Kerajaan British membina semula Sekolah Melayu Pernu di mana kelas bermula dari Darjah Satu hingga Darjah Enam. Pada T.M. 1953, Darjah Tujuh diwujudkan bagi persediaan guru-guru ke Maktab Perguruan.

8. Selepas merdeka 1957, perubahan politik secara mendadak telah berlaku bersama perubahan pendidikan di Pernu. Pada T.M. 1969, sebuah bangunan batu bertingkat telah dibina oleh Kementerian Pelajaran Malaysia bagi menggantikan bagunan lama yang diperbuat daripada kayu dan beratapkan zink. Ianya dapat menampung 8 buah bilik darjah. Pada T.M. 1980, sebuah lagi bangunan batu dibina untuk menampung sekolah yang bergred "B". Pada T.M. 1993, Sekolah Kebangsaan Pernu, Melaka telah dinaikkan taraf menjadi sekolah gred "A".