De forma genérica pueden señalarse tres tipos de tratamiento en la depuración de las aguas.
Antes de estos tratamientos, no obstante, suelen ser necesarias una serie de operaciones de pretratamiento como la retención de sólidos grandes o la separación de arenas y grasas.
El tratamiento primario consiste en la separación, por medios físicos de las partículas en suspensión, es decir de aquellos compuestos sólidos que son muy finos para eliminarlos en el pretratamiento.
El tratamiento secundario o biológico descompone la materia orgánica de las aguas residuales, mediante procesos llevados a cabo por microorganismos.
Tanto el tratamiento primario como el secundario generan grandes cantidades de lodos que se depositan en los decantadores. Éstos deben tratarse para reducir su actividad y volumen, después, si no contienen metales pesados u otros contaminantes, pueden ser utilizados como abonos agrícolas.
El tratamiento terciario pretende reducir la cantidad de determinadas sustancias disueltas en el agua.