Sekolah ini bermula pada tahun 1962 dengan nama “Government Junior Secondary School, Papar”. Dengan 45 orang murid yang belajar di Bridge 1 serta dua orang tenaga pengajar, ia meminjam bilik Sains Rumahtangga SRK Pekan, Papar. Pengetua yang berkhidmat pada masa itu ialah En. John Ganai. Pada tahun 1963, bilangan muridnya bertambah dan ia terpaksa meminjam Sekolah Cheng Hwa dan belajar pada sebelah petang. Ia mempunyai Bridge 1 dan 11 dengan lima orang guru di bawah pentadbiran Puan Ausan. Kemudian datanglah pengetua yang baru iaitu En. Lim Hsing Hui. Pada tahun-tahun berikutnya, bilangan murid semakin bertambah. Pihak sekolah terpaksa meminjam bilik di Sekolah St. Joseph untuk menampung murid-murid Bridge 1, 11 dan Secondary 1, 11. Pada tahun 1966, bangunan sekolah ini telah siap dibina. Ia telah dirasmikan oleh Tun Datu Mustapha Bin Datu Harun. Pada masa itu, sekolah mempunyai empat blok dan sebuah dewan. Walau bagaimanapun, jumlah bilik darjah yang sedia ada tidak mencukupi maka ia masih meminjam bilik-bilik darjah di Sekolah Cheng Hwa dan S.M. St. Joseph. Tahun 1966 juga merupakan tahun pertama sekolah ini mengikuti Peperiksaan Sabah Junior Certificate. Keputusan para pelajar adalah cemerlang. Tanggal 1hb. Ogos 1975, nama sekolah ini telah ditukar kepada Sekolah Menengah Kebangsaan Majakir. Nama Majakir ini berasal dari nama seorang Ketua Daerah Papar iaitu OKK Mohd Zakir Bin Awang.