การใช้ระบบคุณธรรมเข้าแทนที่ระบบอุปถัมภ์ในวงราชการ ทรงคำนึงถึงคุณธรรมและความสามารถของผู้จะเข้ารับราชการในตำแหน่ง ทรงใช้ข้าราชการโดยคำนึงถึงความสามารถ ทรงติดตามผลงานของข้าราชการ และโปรดเกล้าฯให้ข้าราชการจากส่วนกลางไปตรวจ และรับรายงานสภาพตามหัวเมืองเสมอ ทรงกวดขันมิให้ข้าราชการข่มเหงราษฎร และสนับสนุนหลักการประนีประนอมในระบบการปกครอง ทรงประกาศเลือกสรรข้าราชการตุลาการชั้นสูง โปรดให้ส่งชื่อเพื่อคัดเลือกแทนการประกาศแต่งตั้งจากพระองค์ เป็นการใช้ความเห็นของคนหมู่มาก

การปรับปรุงระเบียบบริหารราชการให้มีประสิทธิภาพ ทรงวางมาตรการควบคุมให้ข้าราชการมีความประพฤติดีและทรงปรับปรุงระเบียบการบริหารราชการที่สับสนให้เป็นระเบียบขึ้น ทรงตระหนักว่า ปัญหาหลายประการที่เกิดขึ้นในการบริหารราชการแผ่นดินนั้น เกิดจากความสับสนในการสื่อสารและเกิดจากระบบราชการเปิดช่องให้ระบบอุปถัมภ์มีอิทธิพลในวงราชการ พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงขอให้ข้าราชการประพฤติตนให้สมกับที่ทรงพระมหากรุณาชุบเกล้าชุบกระหม่อม ให้รับราชการ โดยสุจริต เห็นแก่ประโยชน์ส่วนรวมมากกว่าส่วนตัว ทรงวางกฎระเบียบให้ข้าราชการปฏิบัติ เพื่อจะได้รู้จักหน้าที่ของตนอย่างชัดเจน

การปรับปรุงระเบียบคำสั่งของราชการ แก้ไขความสับสนในการสื่อสารข้อราชการ เดิมสื่อสารด้วยการออกหมายจากกรมวัง ให้สัสดีและ ทะลวงฟันเป็นผู้เดินบอกไปตามหมู่ตามกรม จึงทำให้ข้อราชการคลาดเคลื่อน จึงทรงออกหนังสือราชกิจจานุเบกษา ตีพิมพ์ข่าวราชการจากท้องตราและหมายที่ออกประกาศไปรวมเป็นเล่ม แจกไปตามผู้ที่เกี่ยวข้องกับราชการต่าง ๆ ทุกหมู่ กรม หัวเมือง เพื่ออ่านให้เข้าใจในคำสั่งราชการ จะได้ไม่ปฏิบัติผิดพลาดและเก็บรักษาไว้ ทรงให้ประกาศในประชุมประกาศรัชกาลที่ 4